En primer lugar es preciso definir claramente cuál es la información que se desea encontrar. Una vez establecida la conexión a Internet se abre el navegador, siendo a veces necesario instalar algún programa accesorio. En la ventana de selección se teclea exactamente la dirección completa de la página de acceso a cada base de datos, que se identifica con las siglas "http", o se pulsa el icono correspondiente en BUSCATOX. Cuando se abre la página, se escriben en la ventana de búsqueda de la misma los términos que mejor definan el objetivo de la búsqueda. En algunas bases de datos la búsqueda se realiza a través de menús, pulsando sucesivamente en las letras y términos, generalmente subrayados y en azul, que enlazan sus contenidos.
Es recomendable preparar previamente una lista con los descriptores, sinónimos o frases que mejor definan el objetivo [8], usando el idioma de la base de datos. Los términos suelen combinarse entre sí para reducir el número de respuestas, empleando cuando sean necesario comandos de inclusión de ambos (y/and/+), inclusión de alguno (o/or/,) o exclusión (no/not/-).
Para no perder información, se recomienda utilizar términos en singular, o mejor aún, usar sólo la parte básica de la palabra, truncamiento que en algunos archivos será preciso señalar con símbolos como "*" ó "?". Por ejemplo, si el término empleado es "toxi*", la búsqueda identificará todas las variantes, como toxinas, tóxico, toxicidad, etc. La elección de los términos adecuados requiere práctica, por lo que es muy útil comenzar con palabras clave de alguna publicación de tema semejante al objetivo. Las diferentes estrategias de ir añadiendo o reduciendo términos persiguen obtener un número adecuado, es decir, suficiente pero no demasiado alto que permita manejar las respuestas.
La eficiencia en localizar información exclusiva del compuesto solicitado es muy variada dependiendo de la base de datos. Por ejemplo, es del 63% para ChemFinder y del 73% para ChemIDplus [9]. Este aspecto es fundamental ya que muchas publicaciones citan los compuestos estudiados con nomenclaturas antiguas. Es muy conveniente seguir las recomendaciones de la International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) o mejor aún, emplear el número clave exclusivo asignado por el Chemical Abstracts Service (CAS) para más de 23 millones de sustancias. Otras entidades también emplean sus propias claves, como RTECS, EINECS, EEC, etc.
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